Pencegahan timbulnya penyakit disuatu kawasan peternakan ayam, baik itu dalam kandang close house maupun kandang open, biasanya dilakukan dengan cara vaksinasi. Program vaksinasi tidak ada yang baku antara satu peternakan dengan peternakan lainnya. Tidak hanya jenis vaksin yang digunakan, tetapi program vaksinasinya juga beragam. Semua program vaksinasi dibuat berdasarkan sejarah penyakit dipeternakan tersebut atau diwilayah sekitarnya.
Vaksinasi merupakan suatu aktivitas memasukkan agen penyakit (virus, bakteri, atau protozoa) yang telah dilemahkan kedalam tubuh ayam. Adanya agen penyakit ini diharapkan tingkat antibody di dalam darah ayam meningkat sesuai dengan agen yang dimasukkan. Dengan demikian, ayam akan memiliki kekebalan tubuh yang kuat untuk melawan penyakit.
Peralatan vaksin merupakan salah satu alat peternakan yang utama, keberadaannya harus sangat diperhatikan dalam kandang close house. Mulai dari kebersihan dan jenis-jenis alat vaksin sangatlah berpengaruh dalam peternakan.